治疗胃肠息肉的方法，最好是进行手术治疗，随着科技发展进步，电子胃镜及电子结肠镜的使用领域越来越广泛，大部分的胃肠息肉都可以使用电子胃镜及电子结肠镜切除，这种手术方法损伤组织少，术后患者很快就会恢复。
如果息肉直径大于两厘米，电子胃镜及电子结肠镜不能将其切除，这时就应进行开腹手术，有条件的还可以进行腹腔镜手术，将长有息肉的肠段切除。
这两种手术方法对患者的损伤很大，术后患者恢复起来会比较慢。