新生儿肚脐眼流脓，在处理方法上，首先要立刻去医院给新生儿专科的医生进行诊治，此时候孩子有可能是存在着脐炎，需要立刻办理住院治疗。
其次，在新生儿科医生的指导下，需要给孩子进行脐部的消毒以及清洁。消毒之后可以在局部喷洒一些云南白药粉，该种药物不仅具有消炎的作用，而且还能够抑制炎性分泌物的渗出，只是局部的处理办法。
最后，还需要给孩子服用一些敏感的药物进行消炎治疗，把孩子体内的炎症控制住之后，孩子肚脐流脓的现象就会缓解。