治疗新生儿败血症，应根据孩子的病情严重程度来选择药物治疗或手术治疗。
针对病情轻微的患儿，主要是选择药物治疗。一般需要应用头孢菌素类联合青霉素类抗生素予以治疗。如果患儿出现抽动症状，应选择镇静止惊的药物，比如水合氯醛、苯巴比妥等，利于缓解抽动症状。
如果患儿存在颅内感染，致使脑水肿产生，并伴有颅内压增高。应及时应用甘露醇、呋塞米等脱水药物进行治疗。利于减轻脑水肿、降低颅内压，缓解临床症状。
如果患儿存在明确的感染部位，可考虑手术治疗，及时清除感染的组织。