肛周脓肿的排脓，需要结合脓肿部位、范围、脓液多少，选择相应的排脓方式。如果脓肿比较表浅，脓液比较少，通过局部穿刺、抽吸的方式就可以将脓液排空。
如果脓肿位置比较深，脓液比较多，穿刺难度较高就需要考虑切开引流，将脓腔破坏，将脓液清空。
另外，部分患者病情特别复杂，如果直接进行脓肿切开引流，对肛管括约肌损伤比较严重，可能导致术后大便失禁等问题。此时可以考虑分期手术，一期手术将肛周脓肿作成人为肛瘘，二期手术再进来瘘管切除或者切开引流手术。