对于伤寒肠穿孔的患者，确诊以后应当及时的给予手术治疗。手术的方式，是穿孔的缝合修补术。对于穿孔比较大的患者，还可以做近端回肠的插管造口。对于术中发现肠壁很薄，接近穿孔的患者，还应当做降基层的缝合。一般不建议做肠切除吻合术。因为肠伤寒穿孔的患者一般体质都很衰弱了。
手术应尽可能的简单快速。术后，要继续针对伤寒进行治疗，大量的临床数据表明的，术后加强药物治疗，能达到控制病变的发展。减少再次穿孔的发生。