肺部真菌感染指的是肺部感染了念珠菌、曲霉菌、毛霉菌、卡氏肺孢子菌等形成的肺部感染性疾病。通常不同的真菌感染，应当应用不同的药物治疗。可以使用氟康唑对抗白色假丝酵母菌。
可以应用伏立康唑对抗曲霉菌。可以应用棘白霉素对抗毛霉菌。还可以应用磺胺类药物对抗卡氏肺孢子菌。因此，不同的真菌感染，药物应用是不一样的。所以在治疗肺部真菌感染之前，应当给患者留一个病原学的依据。
等待病原学依据明了以后再根据药敏实验，选择不同的药物治疗就可以了。因此，肺部真菌感染是一个很复杂的治疗过程。需要综合的评判，以及辅助检查结果，才能确定治疗方案。