黄体是由于排卵之后，塌陷的卵泡壁与卵泡颗粒细胞卵泡内膜细胞以及周围的结缔组织包绕共同形成的。所以引起黄体功能不全最直接的原因，就是卵泡发育不良。
但是引起卵泡发育不良的原因又非常的多，比如内分泌紊乱的因素，甲状腺功能的减退甲状腺功能的亢进，卵巢功能的减退，卵巢早衰内分泌紊乱性疾病等。都可以引起黄体功能不足，所以患者出现黄体功能不足时，必须要检查性激素6项和甲状腺功能，观察患者有无内分泌紊乱性的疾病。排除内分泌紊乱性疾病之后，要考虑是否存在卵巢的巧克力囊肿、卵巢的肿瘤等器质性的病变，引起的卵巢功能不足，从而导致黄体功能的不全。