肛周发生黑色素肿瘤的具体原因不祥，可能和多种发病因素有关。有些患者肛周可能会出现细胞色素痣，细胞色素痣具有很高的癌变风险，可以转化为恶性的黑色素瘤。
恶性黑色素瘤的发生还和种族有一定的关系，有些人种发生恶性黑色素瘤的风险要高，白人发生疾病的风险要高于其他的有色人种。
肛周发生恶性黑色素瘤还和肛周的刺激有关，有些患者可能会有痔疮、肛门部的湿疹等，慢性炎症会对肛周粘膜造成刺激，诱发患者发生恶性黑色素瘤，有些患者可能和病毒感染也有一定的关系。