甲硝唑不治疗霉菌性阴道炎，甲硝唑主要用于治疗滴虫性阴道炎和细菌性阴道病，霉菌性阴道炎是要用克霉唑或者是保妇康栓等药物治疗，滴虫性阴道炎时要口服甲硝唑进行全身治疗。细菌性阴道病时，可以阴道上药，用甲硝唑泡腾片或者是甲硝唑凝胶等治疗。
如果用甲硝唑治疗霉菌性阴道炎，可能导致菌群失调，加重霉菌性阴道炎的症状。如果霉菌性阴道炎反复发作，已经变成顽固性的霉菌性阴道炎，可以用全身治疗，口服制霉菌素片，并且是夫妻双方同时治疗。