区分咽炎还是新冠肺炎，首先，可以通过患者的病史资料进行鉴别诊断。新冠肺炎患者存在接触史，与新冠肺炎患者或疑似患者密切接触后，亦或是存在疫区旅居史；而咽炎患者多数并不存在此类情况。
其次，临床表现及实验室相关检测结果回报，亦可作为鉴别诊断依据。咽炎患者多数仅表现为咽部局部症状，如咽部不适、咳痰等，而新冠肺炎还具有高热、浑身酸痛、无力等全身症状表现，同时在胸部CT上可观察到肺部炎症灶，同时进行核酸检测时亦提示阳性结果。
最后，两者治疗难度及预后亦不同。新冠肺炎治疗难度较大，且部分患者可出现危及生命的严重反应。