小便时尿道疼，可能是尿路感染，也有可能是尿道损伤所致。
尿道受到细菌、支原体、衣原体等病原菌感染时，尿道黏膜会造成炎症性反应，引起充血、水肿、糜烂，小便时会刺激病灶引起尿道疼，通常伴有尿频、尿急、排血尿等症状。也可能是尿道损伤，比如尿道结石对尿道黏膜产生机械性的损伤，引起小便时尿道疼痛、排血尿。
建议前往泌尿外科就诊，收集中段尿液做尿常规、泌尿系统B超检查，明确其病因给予规范治疗。平时多饮水、多排小便冲洗尿道，有助于改善疼痛。