脑脓肿通常为细菌感染所引起，主要是通过使用抗感染药物为主，比如左氧氟沙星、环丙沙星、头孢类药物等，均能够有效地控制感染。在必要时还应做药物敏感试验，选择针对于致病菌敏感的抗生素进行治疗，效果较好。
如果脑脓肿为真菌感染所导致，还应当服用抗真菌药物进行治疗。在进行抗感染治疗时，还可通过使用糖皮质激素以及利尿药降低脑水肿，避免脑水肿加重。
如果使用药物无法控制，脑脓肿持续加重，可考虑进行手术治疗。在术后还需全身应用抗感染药物治疗。