驱蚊水对宝宝一般无害。但应用需适量，并避开宝宝头面部及手部，以免造成误食。
驱蚊水主要成分为驱蚊胺、驱蚊酯和酒精，适量应用时毒性较低，对人体无明显的毒副作用，通过干扰蚊虫的触觉器官和化学感受器而达到防止蚊虫叮咬的目的。
大量应用时，驱蚊水中酒精成分可经宝宝皮肤吸收入血，进而导致酒精中毒现象的发生。此外，个别宝宝应用驱蚊水后可发生过敏反应，出现皮肤瘙痒或皮疹等皮肤过敏现象，一般应用肥皂水清洗后多数可缓解。过敏反应的发生与宝宝体质及驱蚊水质量等因素相关。