肺部真菌感染，如果能早发现、早诊断、早治疗，经过系统的抗真菌治疗，是可以达到很好的治疗效果的。
但是对于免疫力低下的人群很容易反复感染，而且霉菌比较顽固，如果不能及时采取治疗，有可能会出现严重的并发症，危及生命。目前临床上治疗霉菌感染，主要以抗真菌和提高机体免疫力为主。
常用的抗真菌药物有两性霉素，作为该病目前首选药物，有很好的治疗效果。此外还有三唑类，比如氟康唑、伊曲康唑等。治疗时要全程规范治疗，不能因为治疗周期长而中途停药，也不能过度用药，以防出现肾功能衰竭。