吞咽困难主要和咽部肌肉瘫痪原因有关，而多种原因均会累及到喉部神经，从而引起吞咽困难，比如脑梗死，尤其是脑干梗塞会引起吞咽困难、呛咳等这类症状。还有脑出血，特别是出血在脑干部位也会造成咽部肌肉瘫痪，从而出现呛咳和吞咽困难。
其次一些常见的口、咽器官病变，比如咽喉炎、扁桃体炎、以及咽部肿瘤等均会导致吞咽困难发生。
吞咽需要诸多部位协调共同完成，所以任何一个环节有问题均会导致吞咽困难，因此有这类症状出现应该及时就医检查诊治。