阴茎发黑常见于青春期的男性，男性进入青春期后第二性征会逐渐发育，处于这个阶段的男性睾酮水平较高，阴茎以及会阴部容易出现色素沉着，大量黑色素沉着会使皮肤发黑，属于正常的生理现象。
也可见于长期频繁手淫，或性生活次数过于频繁的男性，由于阴茎过于频繁充血和摩擦，容易导致阴茎逐渐形成黑色素沉积，致使阴茎颜色发黑。
另外，还可能是阴茎嵌顿引起。常见于存在包茎的男性，如果强行进行性行为，因包皮口狭窄后退时容易形成阴茎嵌顿，导致阴茎部位血液循环受阻，因长时间缺血、缺氧会引起阴茎发黑，应及时到医院就诊。