甲状腺功能减退是临床上需要在内分泌科就诊的疾病，部分医院也可以在甲状腺内科或甲状腺外科就诊。
甲状腺功能减退多发生于各种自身免疫性甲状腺炎、先天性甲状腺功能减退，也可以见于甲状腺功能亢进症，在药物治疗时药物剂量不恰当导致的药物性甲减，以及亚急性甲状腺炎或化脓性甲状腺炎的某个阶段。这些情况都需要在内分泌科进行就诊，主要采取药物治疗及生活方式干预。
少数甲状腺功能减退发生时会同时伴有甲状腺肿大，甚至出现严重压迫症状，有时需要在外科就诊进行手术切除。除此之外，甲状腺癌术后患者存在甲状腺功能减退，此时除内分泌科评估外，有时也需要在内分泌科、甲状腺外科进行就诊，综合评估病情。