肚脐眼流水有臭味，可能是脐炎、脐瘘等原因引起。肚脐眼局部的皮肤软组织如果出现破溃，受到细菌感染会流出较多的脓性液体，从而导致肚脐眼有臭味，大多是由于经常抠肚脐引起。
卵黄囊没有退化最终形成脐瘘，在肚脐和肠管之间出现瘘管。由于各种原因造成腹部压力增高的时候，会引起粪便经过瘘管从脐部溢出，从而导致肚脐流水、有臭味。
脐尿管没有退化形成瘘管诱发脐尿瘘，膀胱内有较多尿液引起压力增高的时候，尿液经过瘘管从脐部溢出导致肚脐流水、有臭味。