自身免疫性肝炎是自身免疫系统紊乱，导致肝脏成为免疫系统的攻击靶器官，造成肝脏损伤。而病毒性肝炎是感染了肝炎病毒后，出现了肝细胞被肝炎病毒破坏导致损伤，这两者的致病因素完全不同。
其次，这两者的表现也有所区别。除了两者都可能表现为乏力、纳差、恶心等症状外，自身免疫性肝炎还可以表现为其他的自身免疫系统疾病，如干燥综合征、系统性红斑狼疮等。
此外，两者的治疗也完全不同。病毒性肝炎，如乙肝和丙肝主要是予以抗病毒治疗，而自身免疫性肝炎是予以糖皮质激素和免疫抑制剂治疗。