小儿心肌炎大多数是比较好治疗的，只有极个别的心肌炎，会导致心脏功能不全或遗留有扩张性心肌病的可能，如果是暴发性心肌炎会危及生命。
心肌炎在治疗上主要以休息为主，尤其是在发病的急性期应该绝对卧床休息两个月，以后可以根据病情恢复情况逐渐增加活动量。急性期治疗可以使用一些抗病毒的药物，高剂量的维生素C等，还应该预防心脏功能不全和心律失常的发生。
经过积极治疗，大多数小儿心肌炎都是可以治好的，有少数患儿可能会有心脏功能不全、心律失常等后遗症。