先天性肛门闭锁的手术如果手术操作得当，一般后遗症较少。但是如果是一些经验不够的医生做手术就可能并发出许多的后遗症。
首先，就是肛门狭窄导致的排便困难，由于手术之后局部可产生疤痕组织，导致肛门狭窄，很多患儿术后可能会出现排便困难的情况。出现这种情况，一定要坚持扩肛，要扩肛3~6个月左右，直到肛门不再狭窄为止。
其他的如果手术中不慎损伤到尿道、阴道或者直肠壁，可能还会引起直肠尿道漏或者直肠阴道瘘等后遗症，这个时候可能还需要再次手术治疗。