肠炎的确诊在临床上必须要做结肠镜的，通过结肠镜的检查，除了能够发现结肠炎的位置，还能发现溃疡面的深浅、多少，以及有无伴随出血等。如有结肠息肉，还可确定数量、大小，必要时可取样病理活检。
在肛肠科，直肠镜和结肠镜是必备之物，结肠镜可以发现直肠息肉、内痔、直肠炎、早期直肠粘膜脱垂等。
在发现体积较小、窄基内痔或者炎性、腺瘤样直肠息肉，可以通过结肠镜直接进行烧灼，套扎等治疗措施。在肛裂的患者行结肠镜检查时，则要注意润滑，避免刺激疼痛。