卵巢巧克力囊肿不是恶性肿瘤，而是属于良性包块。
只是卵巢巧克力囊肿内有异位的子宫内膜组织，常常都会引起周期性的疼痛症状，而且是引起进行性加重的痛经表现，同时还可能会影响女性的生育功能，导致女性怀孕困难，甚至是出现继发性的不孕症。
如果卵巢巧克力囊肿太大，则可能会出现巧克力囊肿的破裂，甚至是扭转，在巧克力囊肿破裂以后，就可能会导致整个腹腔出现子宫内膜异位灶，从而引起整个腹部的疼痛表现。且疼痛比较剧烈，不一定只是出现在月经期，在非月经期也会出现。