女性在有卵巢巧克力囊肿的时候，可能会出现很明显的疼痛的症状，但通常都是在月经来潮期间或者月经来潮前一周左右开始疼痛。
有的女性可能在同房深刺激的时候，也会有小腹疼痛的症状，但是在同房结束以后，这种疼痛会很快地缓解，而且卵巢巧克力囊肿的女性，会出现进行性加重的痛经表现。如果女性有卵巢巧克力囊肿特别大，又会引起盆腔内一些器官粘连，也会影响到女性的生育功能。
所以，出现卵巢巧克力囊肿，有可能会合并不孕症的出现，所以备孕的女性可能要进行手术处理。