孤立性肺结节是否会有危害以及危害的严重程度，与具体病情有关。
有些孤立性肺结节仅仅是陈旧性的病灶，或者是肺错构瘤等良性的肿瘤。通常不引起明显的临床症状，也不导致严重的后果，不需要特殊处理。
但是，孤立性肺结节有时可能是恶性病变导致，比如肺癌。对于肺癌引起的孤立性肺结节，虽然许多情况下也不出现相关的症状，如果不给予处理，可能逐渐进展，可能会引起远处转移或者累及到大气道，从而导致相关的临床症状，可能会影响到患者的寿命，临床结局会比较差。