导致阴茎发痒的原因来自局部的炎性刺激或组胺释放。炎性刺激跟个体的卫生护理不好、体质差、抗病免疫力弱等原因有关。相关因素加重阴茎部位封闭潮湿，容易滋生病菌导致阴茎皮肤感染，炎性刺激可导致发痒感觉。
过敏性发痒常发生于敏感体质的个体，接触致敏原可导致发痒，皮下组织液渗出还可导致皮肤水肿，再次接触敏感原可导致反复发痒。
患有糖尿病血糖控制不佳，肝胆疾病导致胆炎、胆汁淤积等可引起阴茎皮肤或其他部位皮肤发痒。