新生儿重症肺炎相当严重，因为新生儿重症肺炎随时可能合并呼吸衰竭、心力衰竭等严重并发症，有可能会导致患儿死亡。所以一旦确诊为新生儿重症肺炎，应予以积极的治疗，以免延误病情。
应定期翻身拍背，及时吸进口鼻分泌物，保持呼吸道通畅，有低氧血症或高碳酸血症，可根据病情和血气分析结果选用鼻导管、面罩予以吸氧，同时予以抗病原体的治疗。
可根据血培养和痰培养的结果，予以敏感的抗菌药物抗感染治疗。如为单纯疱疹病毒性肺炎，可予以抗病毒治疗。
同时应纠正循环障碍和水电解质以及酸碱平衡紊乱，输液速度应慢，以免发生心力衰竭和肺水肿，并保证能充足的能量和营养。