不同原因导致的足舟骨骨髓水肿，处理方法也不一样。
如果是急性化脓性骨髓炎所引起的水肿，应当使用抗生素类药物进行治疗，比如青霉素、头孢等。在必要时还要进行手术治疗，进行开窗减压引流术。在治疗期间也要对关节部位进行制动，能够减轻疼痛，利于炎症的消散，避免出现病理性骨折。
如果是骨关节炎所引起的足舟骨骨髓水肿，应当使用保护软骨的药物治疗，比如硫酸氨基葡萄糖，还可进行关节腔冲洗。在特别严重时还须进行手术治疗。