肾小球肾炎发生的原因非常复杂，目前的研究认为肾小球肾炎是一种自身免疫反应性疾病。也就是说，由于各种病原体，包括各种细菌、病毒、寄生虫、药物等进入人体以后，体内的防御机构就产生抵抗这些病原体的物质，称之为抗体。
在抗体抵抗抗原的过程中，有两种情况发生，一种情况是战胜了侵入人体内的病原体，疾病就会痊愈，另外一种情况是在抗体抵抗抗原时，同时也会破坏自身组织而引起疾病，这就是不正常的免疫反应，称之为自身免疫反应性疾病。
肾小球肾炎的发生就是通过这种免疫作用造成肾脏损害，最终导致肾小球肾炎的发生。