留下痘印的原因要依据痘印的形态进行分析。
如果留下的痘印是单纯的色素沉着，考虑为局部有痘痘的时候，刺激周围的色素细胞分泌较多的色素颗粒，从而形成的色素沉着斑。如果是红色的痘印，考虑为持久性红斑，是痘痘存在过程中导致局部皮肤血红蛋白数量增加而形成的。虽然会随着时间的推移逐渐淡化，但是存在的时间相对较长，影响外观。
如果形成的痘印是凹陷的痘坑，则是由于痤疮或毛囊炎在形成的过程中被外界挤压弄破以后形成的凹陷性疤痕，是局部细胞排列混乱以后导致的一种临床表现。