孕酮变低分为生理情况和病理情况。在非孕期时，卵泡期孕酮一直处于低水平，在排卵后孕酮水平增高，在下次月经来潮前，孕酮水平又再次降低。如果在排卵后即出现孕酮水平降低，要考虑出现黄体功能不足，这是卵巢功能减退的一种表现。
而在妊娠期间，孕酮一直处于高水平。在早孕期的孕酮是由卵巢分泌，此时的孕酮具有脉冲性释放的特点，每天不同时间测量，孕酮的数值会有较大的波动。而孕中期随着胎盘的形成开始分泌孕酮，则孕酮的数值较为稳定。
如果在妊娠期间出现孕酮降低的情况，还要考虑是否流产、胎停等导致的孕酮水平下降。