核酸检测和抗体检测从检测的方法、原理、选取患者的标本，及临床意义等方面均是不同。
新型冠状病毒肺炎核酸检测，属于一种病原学检测。而抗体检测，属于血清学检测方法。核酸检测采用的是RTPCR的方法检测新型冠状病毒肺炎的核酸。往往选取患者的标本为鼻咽拭子、口咽拭子、痰，有时也可以选取下呼吸道分泌物、血液和粪便等标本。
核酸检测有一定的假阴性率，约30%左右的假阴性率。临床上需要多次的复检，来降低检测误差。抗体检测选取的标本为患者的新鲜血清，检测新型冠状病毒的特异性IgM和IgG抗体。