肝癌与甲胎蛋白存在一定密切的关系。
甲胎蛋白是血液学的肿瘤指标，在很多肝癌患者的血液中可以检测到这项指标的异常升高。临床上可以根据甲胎蛋白指标的升高数值多少及升高的持续时间，对肝癌的病变作出临床的诊断，但是这项肿瘤指标对于肝癌疾病的特异性以及准确性均不是很高。
除了肝癌存在甲胎蛋白的指标异常外，甲胎蛋白升高还可以见于慢性肝炎、胚胎系统的恶性肿瘤等其他的一些疾病。肝癌的患者也并不是100%会出现甲胎蛋白指标的异常，还有大约30%的患者其甲胎蛋白的数值是正常的。