长期注射避孕针后有可能会导致闭经。一般注射避孕针是属于一种长效的避孕针，有1个月注射1次的，也有3个月注射1次的。
长效避孕针可以抑制排卵达到避孕的作用，避孕药是属于激素药物，会抑制卵巢的功能，就会出现闭经或月经量少，阴道少许流血等症状。一般对于对于闭经超过3个月者，一般建议停用避孕药物，观察一段时间，等待月经自然恢复，在此期间，改用其它的避孕方式；当闭经超过6个月以上仍不来潮，就需要考虑女性生殖轴功能不全。
因此对女性，一般不建议长期使用避孕药避孕，因为有可能会导致生殖轴功能不全的可能，同时激素药物还对女性有很多不良的影响。