西医治疗口糜症主要以药物治疗为主，包括外用涂抹的药物以及口服的药物。
口糜症主要是由白色念珠菌感染所引发的口腔粘膜疾病，而白色念珠菌是真菌的一种，因此可通过使用抗真菌的药物来进行治疗。对于成人患者可通过服用抗真菌的药物，并使用弱碱性的溶液涂抹病损部位来进行治疗，如果患者为儿童，通常采用局部外用抗真菌药物来治疗。
多数的口糜症患者，通过药物治疗后在14天左右即可痊愈。但有些患者病情比较严重，治疗时间可能会持续数周。