扁平疣常规的治疗药物，有口服药物、有外用药物以及肌肉注射的药物等。其中口服的治疗药物主要就是一些提高免疫力的药物，比较常见的就是脾氨肽或者是转移因子。
另外，香菇菌多糖或者是多糖蛋白片，或者是复方甘草酸苷片等都具有提高免疫力的作用。而常用的外用的治疗药物，主要包括维A酸乳膏或者是咪喹莫特软膏或干扰素凝胶，以及鬼臼毒素酊等。
而用于治疗扁平疣的肌肉注射的治疗药物，包括卡介菌多糖核酸注射液或者是干扰素等。