睡觉肛门流水往往会由一些疾病引起，得了肛瘘，肛周外口会有脓液流出，急性感染期，流脓多，脓液黏稠，引起肛门潮湿和瘙痒，出现肛门流水。
得了肛门湿疹会出现瘙痒，会用手搔抓，因搔抓导致皮肤破溃、糜烂、渗出，出现肛门流水。得了痔疮，如炎性外痔，由于炎症刺激，外痔表面会产生炎性渗出液，也会表现为肛门流水。
内痔脱出肛门外，有时难以还纳肛门内，内痔表面黏膜会分泌黏膜，有时合并感染，分泌物会增多，出现肛门流水的现象。