双黄连口服液一般不会影响到月经。若处于非经期服用，对于月经的正常来潮，以及经期、经量等影响不大。
但是本品的组方中，多味中药的药性味苦寒。有的患者服用本品，可引起消化道的不适症状，比如腹胀、腹泻等。所以若处于经期使用本品，也有可能会引起胃肠道不适。特别是体质比较虚弱的女性，行经期间服用双黄连口服液，需要慎重，有可能会出现腹痛、痛经等情况。
因此，本药物的服用，应结合自身的体质情况，尽量要做到在医生的指导下用药为宜，以免对正常行经造成不良影响。