基底细胞腺瘤生长缓慢，病程较长，临床常无自觉症状。随着肿瘤逐渐增大，压迫其它组织可有疼痛症状。
基底细胞腺瘤呈圆形或卵圆形，表面光滑，包膜完整，与周围组织界限清晰，肿瘤体积一般不大，肿瘤剖面多呈实性，灰白色，亦有囊性变者，剖面呈大小不等的囊腔，内含稀薄的棕红色粘液样物。
基底细胞腺瘤细胞密集成团或呈条索状，细胞胞浆少，呈嗜碱性，核圆形、染色深，核仁不明显。有时上皮团块的外周部位呈单层排列，颇似皮肤的基底细胞癌，但核分裂象少见。