可导致儿童上腭肥大的疾病有很多，其处理方式会因病因不同而有所差异。
如果上腭肥大是由急性感染导致的充血、肿胀引起，一般通过积极的抗感染治疗，水肿组织可随病情好转而自行消退。
如果上腭肥大是由先天性囊肿，或者慢性感染所致肥大引起，在针对原发病因处理的同时，还需根据肥大程度考虑手术切除的必要性。
对于较小的上腭囊肿，若没有明显异物感或其他不适，可以暂时观察，不需要处理。如果有明显异物感，且有鼻塞、睡觉打鼾等，可以通过手术将囊肿彻底切除。