肛瘘手术后伤口有分泌物，属于术后正常情况，肛瘘手术是将瘘管切开或切除，去除瘘管内的肉芽组织及坏死组织，形成敞开的新鲜创面，创面不缝合或部分缝合，填入油纱布让其自行愈合。
因创口与直肠相通，会受到粪便内大量细菌的污染产生炎症反应，新的肉芽组织在生长过程中受其影响，会有部分因感染而坏死形成分泌物，属于肛瘘术后恢复的正常现象。
肛瘘术后要注意调整饮食、保持大便通畅、防止便秘和腹泻，局部温水或1：5000的高锰酸钾液坐浴，可以配合使用痔疮膏促进术后创面愈合。