引起咽喉恶性肿瘤的原因与多种因素有关，咽喉恶性肿瘤与吸烟和饮酒关系极为密切。
吸烟的总量与喉癌的发病率呈正相关，当吸烟与饮酒共同存在时，则会发生相加或重叠的致癌作用。咽喉恶性肿瘤与职业因素有不同程度的关系，以接触铜、铝、铬、铅等金属的工人发病率为最高，但与接触时间的长短也密切相关。
咽喉恶性肿瘤与乳头状瘤病毒感染也有关，乳头状瘤病毒的DNA解聚后，进入上皮细胞是引起恶变的必要过程。也有人认为EB病毒感染也与咽喉恶性肿瘤的发病有关系。