肝囊肿患者的病情严重程度，除了与囊肿的大小有关外，还要结合患者的实际症状和检查结果来判断。
理论上，肝囊肿越大，则引起临床症状的概率越高，病情也越严重。
5cm以上的肝囊肿比较大，会使肝包膜的张力增高，患者会出现肝区胀痛不适的症状。随着囊肿的不断增大，可压迫临近器官，而引起食欲不振、恶心、呕吐、呼吸困难、胆道梗阻等。而且出现囊肿感染、破裂，以及扭转的概率也会逐渐增大，病情相对比较严重。
但是也有很多5cm以上的肝囊肿不会引起症状，病情也很轻。