窦性心律不齐的原因没有性别差异，男女都一样，窦性心律不齐可以是生理性的，也可以是病理性的。
生理性的窦性心律不齐，多见于跟呼吸节律有关的呼吸性窦性心律不齐，这个情况在青少年中很常见，对于这样的窦性心律不齐没有必要治疗。还有一种窦性心律不齐，可见于窦房结内游走心律，也可见于正常人，也可见于服用洋地黄类药物的患者。
病理性的窦性心律不齐，可见于心脏方面的疾病，比如冠心病、心肌病、心肌炎、病态窦房结综合征、窦性停搏等，也可见于二度房室传导阻滞。