细菌和真菌毛囊炎当然是有区别的。首先，感染的致病菌是不同的。细菌性的毛囊炎多数是属于金黄色葡萄球菌感染，而真菌性的毛囊炎是属于马拉色菌感染。
另外，症状上也是不同的。细菌性毛囊炎主要症状表现为皮肤的红肿、疼痛，有的会有白色的脓点、脓性分泌物。而真菌性的毛囊炎表现为皮肤外观为红色、米粒大小的丘疹，有的在顶部也有小脓包，可以挤出粉状物，主要的症状并不是疼痛，而是瘙痒。
其次，在治疗方面也是不同的。细菌性毛囊炎主要选择抗生素、抗炎为主，可以外用红霉素软膏或者甲硝唑凝胶。而真菌性的毛囊炎就应该选择一些抗真菌的药物，比如克霉唑软膏、酮康唑软膏等，严重的需要口服伊曲康唑、氟康唑等抗真菌的药物治疗。