胃肠功能紊乱可以针灸治疗。可以针灸百会穴、内关穴、太冲穴、足三里穴、三阴交穴、天枢穴等穴位，以达到舒肝、健脾、养护肠胃的效果。
胃肠功能紊乱，其病程相对漫长。情志不舒或不良的饮食习惯还会导致反复发作，这使得治疗此症困难重重。因此，除了针灸疗法，再配合药物疗法，效果会更加明显。可以在专业医师的指导下服用和胃整肠丸、肠胃宁胶囊、四味脾胃舒颗粒等药物予以调理和治疗。
另外，保持心情愉悦和轻松，也对缓解此症有很大的帮助。