腹部CT能查出肠道内的病变，但是没有肠镜敏感，建议结合两者的检查结果综合判断疾病情况。
腹部CT可以查出肠道内的病变，一般是用来观察肿块的体积大小、密度，以及与周围邻近组织器官的关系，对体积比较大的明显病变来说比较方便。但是对于肠黏膜炎症性疾病，例如炎症性肠病、溃疡性结肠炎等，很难通过腹部CT检查出来，这时建议做肠镜检查。
CT通常用来检查实质性脏器，例如肝、胆、胰、脾、肾脏，肠道内是中空的，检查效果不如实质性脏器，通常要结合肠镜检查。