如果糖尿病患者合并了肝脓肿，治疗上首先要给予胰岛素控制血糖，使血糖控制在医生所要求的范围之内。因为如果没把血糖控制良好，那就会影响肝脓肿的治疗的疗程，以及疗效。
对于急性期肝局限性的炎症，脓肿尚未形成或多发性小脓肿，应当给予积极的内科保守治疗。在治疗原发病灶的同时，使用大剂量的抗生素及全身支持疗法控制炎症，促进炎症的吸收。在全身使用抗生素的同时，对于单个较大的肝脓肿，可在B超引导下穿刺吸脓，尽可能的吸尽脓液后注入抗生素至脓腔内可以隔数日反复穿刺吸脓，也可以置管引流脓液。
对于较大的肝脓肿，估计有穿破的可能或已穿破，不引起腹膜炎、脓胸以及胆源性肝脓肿或慢性肝脓肿，在全身应用抗生素的同时，应积极进行脓肿外科切开引流术。