临床上引起肾积水的原因很多，其中最常见的原因是结石性的疾病，无论是肾结石、输尿管结石，还是膀胱结石或者尿道结石，只要引起尿道梗阻、尿液排泄不畅，就会出现肾积水。当然，既有可能是一个肾脏出现积水，也有可能是两个肾脏同时都出现积水，积水的严重程度可能并不一致。
一般引起新生儿出现肾积水的原因，大多数考虑是与先天性的输尿管出现狭窄有关系，引起老年人出现肾积水最常见的原因是与前列腺增生、前列腺肿瘤、膀胱肿瘤等因素有关系。
所以当患者诊断肾积水以后，还要进行肾积水病因的诊断。