肛周脓肿一般是不能够自愈的，一般是需要通过药物治疗或者是通过手术的方法进行治疗。
肛周脓肿本身就属于感染性质的疾病，发生之后会产生肛门局部严重的疼痛，不进行治疗还可能会发生自行的溃破，进而发展成肛瘘的情况，会反复地通过溃口流脓、流水，导致患者的严重不适。
肛周脓肿发生之后，主要还是以手术的治疗为主，目前在临床上多是进行一次性的根治手术，降低术后复发的几率。如果患者不能够耐受手术的，或者是手术时机不成熟的，也可以先通过抗生素药物的保守治疗，或者是在脓液形成以后先进行切开排脓，避免感染进一步蔓延，引起发热等全身的感染表现。